Som jag förstått det (jag har inte eget företag, men fundrar på att starta upp) så inom EU betalar du moms i det land du handlar i från och sedan får du ta upp det i din redovisning precis på samma sätt som om du betalat moms i Sverige. Den fria handeln är ju en av de stora poängerna med EU.
Skillnaden är om du har hobbyverksamhet, dvs jobbar som privatperson eller om du har företag. Som privatperson måste du betala moms, men som företag är du bara "statens uppbördsman för momsen" (eller hur nu den snofsiga formuleringen lyder) och betalar inte moms. Det spelar ingen roll om du som företag betalar lite eller mycket moms när du köper grejerna, det reglerar du med skattemyndigheten. Men som privatperson vill man som reglel betala så lite moms som möjligt (om man inte är som Mona Sahlin och tycker att skatt är sexigt förståss

)
Som sagt: den stora skillnaden ligger i om du har hobbyverksamhet eller företag. Har du bestämt dig för vilket än?